Grossomodo j'avais réglé un offset sur l'axe Z mais j'utilisais le champs "layer first height" de Cura. Cela était inapproprié car ça modifiait le diamètre de sortie du filament. Bref j'avais l'habitude d'utiliser Slic3r qui permet de fixer un offset Z très facilement, j'ai donc installé ce slicer qui m'est beaucoup plus familier, cela a réglé le problème.