Salut,
Ayant 2 SKR ( une 1.3 montée sur une MPCNC et une 1.4 Turbo sur une autre imprimante ) les sorties PWM travaillent de telle façon que le + 12V/24 reste au même potentiel, et c'est la pin programmable qui change, exemple de la 2.4 dans ton cas, quand tu mets la sortie fan à 0%, il va y avoir le 12V (ou 24V suivant l'alimentation de ta carte) ainsi que la pin 2.4 à 12V (la différence de potentiel est donc nulle) et dès que tu passes à 100%, la pin 2.4 va descendre son potentiel à 0V (donc 12V au borne de HE1)
C'est pour ça que lorsque tu branches avec le fil GND tu as directement 12V
Lorsque tu as utilisé la RAMPS, tu avais bien le GND relié au même potentiel que le GND de ton alim, et c'est la pin + qui variait en PWM jusqu'à 12V, c'est la même chose que les MKS.
J'ai fait un montage inverseur de tension pour mettre mon laser 20w sur ma MPCNC ( la SKR Pro apparemment est plus facile a programmer pour avoir des sorties pwm correct comme une RAMPS ou une MKS), mais bon ça marche bien comme ça.
Dans le cadre d'un octocoupleur tu n'es plus embêté par ce problème de potentiel, c'est un excellent choix.