Impression d'un cerveau depuis un IRM

[ull]

Salut, j'ai fait un petit projet rigolo et atypique et je me suis dit que ça pourrait vous intéresser.

Un ami a passé une IRM de la tête (tout va bien rassurez-vous !) et m'a demandé si on ne pouvait pas essayer de l'imprimer en 3D. Avoir son cerveau dans le salon, faut avouer que c'est la classe.

Une IRM, ça se présente ainsi: plusieurs dossiers d'images au format DICOM (imagerie standard pour la médecine, ce sont des images qui contiennent des meta-données sur la prise de vue comme par exemple la position dans l'espace). Chaque dossier est issu d'une prise de vue différente, avec des angles ou des résolutions qui changent de ce que j'ai pu voir), j'ai pris le dossier le plus fourni:

Pour lire l'IRM, j'ai utilisé Slicer, un logiciel d'imagerie médicale gratuit et open source. J'importe tout mon dossier avec le DICOM Browser, et il reconnait tous les fichiers automatiquements et recrée une vue 3D.

 

En jouant avec les paramètres, on peut faire apparaître tout le contenu de la tête !

Si j'exporte directement le volume en STL, j'obtiens un enorme fichier (>300mo) difficilement exploitable. Je voulais nettoyer et récupérer le cerveau dans blender, mais j'ai vite oublié cette idée.

 

J'ai donc utilisé un plugin pour Slicer, SkullStripper. Ça permet d'extraire automatiquement le cerveau.

C'est assez magique, il n'y a que très peu de réglage. On obtient ceci (l'affichage était bugé à cause de normales inversées; pas de pb avec le stl exporté):

Le premier export était... pas assez détaillé à mon gout alors que j'étais à la subdicision max, du coup j'ai trafiqué le plugin SkullStriper pour autoriser à aller jusqu'à 50 subdivisions au lieu de 20.

(Il faut modifier le fichier AppData\Roaming\NA-MIC\Extensions-28257\SkullStripper\lib\Slicer-4.10\cli-modules\SkullStripper.xml, quelque part faut changer un maximum égale à 20 en 50)

<integer>
  <name>sphericalResolution</name>
  <label>Subdivisions</label>
  <flag>-r</flag>
  <longflag>--division</longflag>
  <description>Number of subdivision for surface parameterization (4002 vertices for 20)</description>
  <default>12</default>
  <constraints>
    <minimum>10</minimum>
    <maximum>50</maximum> <!-- Change 20 to 50 -->
  </constraints>
</integer>

 

Finalement, j’obtiens ceci:

 

C'est pas mal, mais il se passe des trucs bizarres... Le programme a généré pas mal de triangles aléatoires, que j'ai nettoyés sur Blender.

 

J'ai utilisé la fonction "Make Solid" de Meshmixer pour reboucher les trous et simplifier le STL: il y avait beaucoup de triangles inutiles à l'intérieur du volume, cette fonction permet de faire un joli nettoyage:

à gauche avant nettoyage, avec plein de triangles dans le volume.

En suite j'ai importé le tout dans Cura.

 

Puis impression du cerveau!

L'impression est parfaite. Sur la photo, on ne verra pas trop de détails mais ils sont bien là.

J'ai aussi fait un socle pour le cerveau en exportant la "face" de l'IRM et j'ai un peu bidouillé avec des booléens sur blender.

 

J'ai eu des soucis d'impression du filament bleu, pb que je n'ai pas eu avec le blanc (les deux PLA 1.75 de chez Grossiste3D)

(J'ai refait une impression plus tard en utilisant CreawsomeMod et ça c'est mieux passé, je n'ai pas de photos)

 

Voilà! Bientôt on va me filer une IRM de la colonne vertébrale, on verra ce qu'on peut en faire haha

[pascal_lb]

@ull idée originale

en tout cas super boulot ...

ça serait sympa de le faire taille réelle et de comparer avec celui des copains pour voir qui a le plus gros  

[Ad-riz]

Il y a 11 heures, ull a dit :

J'ai donc utilisé un plugin pour Slicer, SkullStripper. Ça permet d'extraire automatiquement le cerveau.

J'adore cette phrase 

 

Trop sympa ton projet, l'idée est géniale ! A cause de toi je vais prendre RDV pour passer une IRM 

Mais plus sérieusement ça parait bête (bon d'accord ça l'est un peu ), mais c'est avec ce genre de bidouille qu'on se rend compte de l'avancée technologique de la médecine (et de l'impression 3D).

[Tonio]

Oh très bonne idée !

Je vais essayer de faire ça avec ma dernière IRM du crane pour retrouver mon cancer

[pascal_lb]

Il y a 12 heures, Tonio a dit :

Je vais essayer de faire ça avec ma dernière IRM du crane pour retrouver mon cancer

pareil avec mon anévrisme  

[Titi78]

Moi je ne peux pas car ils n'ont pas trouvé le cerveau 

[ull]

Le 29/07/2019 at 15:11, Titi78 a dit :

Moi je ne peux pas car ils n'ont pas trouvé le cerveau 

Ha c'est terrible ça, tu peux faire un IRM d'une autre partie du corps