J'ai dû récemment flasher le bootloader d'une Mega 2560 R3 (Elegoo) pour installer flash_optiboot afin d'écrire dans la flash depuis mes sketches.
Après moult recherches, la plupart de tuto étant ancien, j'ai réussi avec Arduino IDE 1.18.3 et publié le howtto sur github: https://github.com/xcape-io/arduino-mega-optiboot-flash