Après avoir modifié, tu as bien cliqué sur «écrire» pour que ce soit enregistré dans l'EEPROM (un clic sur OK ne valide pas les modifications… il me semble )
Procédure, dans cette fenêtre de réglage:
lire (le contenu de l'EEPROM),
faire des modifications,
écrire (le contenu dans l'EEPROM),
OK pour fermer la fenêtre.
Si ça ne fonctionne toujours pas, il est possible que le firmware GRBL de ton laser n'ait pas été compilé avec l'option des interrupteurs de fin de course (ce qui serait une belle co…rie).
Pour ton problème de MDF (je suppose car je ne connais pas le FDM ), c'est un matériau même à 3mm d'épaisseur hyper pénible à couper (il contient bien souvent plus de colle que de poussière de bois), il faut activer dans LB, pour le calque de coupe, le mode «puissance constante» (M3 voir ce lien LB) :